Il nuovo governo fu affidato dal re al generale Pietro Badoglio che firmò con gli Alleati l’armistizio dell’8 settembre 1943. Nel frattempo, Mussolini fu liberato dai tedeschi e condotto in Germania. Da qui ricostituì un governo fascista nella parte centrosettentrionale dell’Italia; fu, quindi, instaurata la nuova Repubblica Sociale Italiana (RSI) che dovette coesistere con le strutture militari, politiche e poliziesche tedesche già presenti in gran parte dell’Italia.
Nella RSI la situazione degli ebrei – circa 33.360 – si fece critica.
Coadiuvati dalle polizie repubblichine, i nazisti diedero inizio ai rastrellamenti, agli arresti, all’assassinio e alle deportazioni di tutti gli ebrei, italiani e stranieri.
Fra il 15 e il 23 settembre 1943, ufficiali del II Reggimento della Panzer Division Leibstandarte Adolf Hitler si resero responsabili dell’assassinio di 54 ebrei nei pressi del lago Maggiore, cui si aggiunsero gli eccidi perpetrati dai repubblichini.
Nello stesso periodo il medesimo reggimento rastrellò nel Cuneese alcune centinaia di ebrei che avevano raggiunto l’Italia seguendo l’esercito italiano in ritirata dalla Francia. Essi furono imprigionati a Borgo San Dalmazzo, consegnati alla Polizia tedesca di Nizza e inviati al campo di transito di Drancy, quindi deportati ad Auschwitz.
Il 16 settembre 1943 i membri della comunità ebraica di Merano furono arrestati e deportati prima in Austria poi ad Auschwitz.
La prima deportazione direttamente verso il campo di sterminio di Auschwitz fu compiuta a Roma, dove vivevano oltre 12.000 ebrei: dapprima i nazisti pretesero che la comunità versasse loro entro 36 ore 50 chili d’oro, quantitativo che fu raccolto con estrema fatica e consegnato il 28 settembre 1943; quindi prepararono un piano studiato nei minimi particolari per penetrare nel quartiere ebraico e prelevarvi gli abitanti. Al comando della retata c’era il capitano delle SS Theo Dannecker.
Il 16 ottobre 1943 il ghetto di Roma fu circondato dalle truppe tedesche che arrestarono 1259 persone. Alcuni furono rilasciati, ma la maggioranza (1022 ebrei), nonostante le caute e tardive obiezioni del Vaticano, fu deportata ad Auschwitz. Di questi, 839 vennero uccisi nelle camere a gas all’arrivo, gli altri furono internati; ne sopravvissero 17 Per opera delle polizie italiana e tedesca, un altro migliaio di ebrei fu scoperto e deportato durante i nove mesi dell’occupazione nazista di Roma.
Fra ottobre e novembre il distaccamento operativo di Dannecker organizzò e compì retate in tutte le principali comunità ebraiche dell’Italia centrosettentrionale.
Gli ebrei furono arrestati e rinchiusi nelle carceri locali, quindi condotti alle stazioni ferroviarie di Bologna e Milano e infine deportati ad Auschwitz per esservi uccisi.