Nel corso del conflitto tale caserma ospita Polizia tedesca e militari della RSI e diventa luogo di detenzione per 807 operai arrestati dopo gli scioperi nelle fabbriche del triangolo industriale del Nord del marzo-aprile 1944. Gli operai furono rinchiusi nei locali che davano sul vicolo San Giovanni e da lì lasciarono cadere dei bigliettini per i loro cari, molti dei quali saranno raccolti dai cittadini di Bergamo e spediti. Il 17 marzo 1944, con il trasporto n. 34, 573 detenuti partono dalla stazione dopo avere attraversato la città; tra loro anche Mario Madè che arriva a Mauthausen il 20 marzo, matricola 58950. Il 24 marzo viene trasferito a Gusen dove muore nel maggio 1945.